تم إنشاء إدارة الإشراف العام على كليات البنات بالجامعة اعتباراً من 8/6/1428هـ بعد صدور الموافقة السامية على إلحاق كليات المعلمين , وكليات البنات بالجامعات السعودية , وتم تكليف مشرفاً عاماً على كليات البنات في تلك الفترة , ثم تمت موافقة خادم الحرمين الشريفين رئيس مجلس الوزراء رئيس مجلس التعليم العالي ـ حفظه الله ـ على أنشاء وكالة الجامعة لكليات البنات في 3/7/1429هـ وتمت تأسيس الوكالة وتكليف وكيلاً لها.
تسعى وكالة الجامعة من خلال منظومة كليات البنات لتحقيق دور ريادي في الجوانب المعرفية والبحثية , والرقي بمدخلات ومخرجات هذه الكليات في ضوء معايير الجودة والتنافسية على المستوى الإقليمي والعالمي.
إيجاد بيئة أكاديمية ذات جودة عالية , والإسهام في انجاز أبحاث علمية متميزة , وتقديم خدمات مجتمعية عالية المستوى بما يسهم في تحقيق رؤية , ورسالة الجامعة , وتحقيق الأهداف التنموية.
- الإسهام في تطوير برامج أكاديمية ذات جودة عالية ومواكبة لاحتياجات سوق العمل.
- تأهيل الطالبات في التخصصات التي تقدمها كليات البنات تأهيلا علميا عاليا.
- التعاون مع الجهات والمؤسسات العلمية لتحقيق الجودة, والحصول على الاعتماد الأكاديمي وفق المعايير المحلية والعالمية.
- دعم , ومساندة كليات البنات وأقسامها الأكاديمية لإيجاد بيئة أكاديمية تسهم في الرقي بمخرجات كليات البنات.
- الإسهام في تقديم برامج تخدم المجتمع موجهه للمرأة بما يحقق تطلعاتها وطموحاتها.